近年来，各级政府对“三农”的投入不断增加，但支农资金使用管理分散现象比较突出，在一定程度上影响了支农资金的使用效益和政策效应的发挥。因此，进一步整合支农资金，有利于逐步规范政府支农资金投向，合理有效配置公共财政资源，提高支农资金的使用效益；有利于促进政府及其部门转变职能，加强对农业的支持和保护；有利于集中力量办大事，提高支农资金的整体合力，推进社会主义新农村建设。
财政部发布的《关于进一步推进支农资金整合工作的指导意见》提出，支农资金的整合由财政部门牵头、以县为主推进。一是选择若干县级单位作为试点单位，制定支农资金整合方案，以上级分配的支农资金和本级安排的资金为整合对象，开展资金整合试点；二是选择若干县，将中央、省、市安排的支农资金进行“打捆”下达，推进支农资金整合。在坚持以县为主的同时，各地可积极探索多层次、多形式的支农资金整合的有效途径。除救灾资金、粮食直接补贴资金等特殊用途资金外，财政部门管理分配的支农资金以及农口部门预算中用于项目的支出，都可纳入支农资金整合的范围。条件成熟后，积极推进政府安排的所有支农资金的整合。
《意见》明确，要以发展规划引导支农资金整合。根据当地发展战略目标和经济社会自然资源条件，围绕推进新农村建设的目标要求，制定农业农村发展中长期规划和年度计划，确定主导产业和发展的重点项目，明确支农资金的重点投向，指导支农资金整合。各地可根据发展规划和重点项目对现有资金进行适当归并，并以主导产业或重点建设项目打造支农资金整合平台，通过项目的实施带动支农资金的集中使用。在具体方式方法上，可根据实际需要灵活选定。如以农田水利设施建设为切入点，打造水利资金的整合平台；以新农村建设为契机，打造农村发展类资金和扶贫资金的整合平台；以发展优势产业和特色产品为抓手，打造生产类和产业类资金的整合平台；以改善生态环境为重点，打造生态保护和治理资金的整合平台。
地方财政部门要根据项目建设和农业发展目标，区分轻重缓急，对申请上级财政部门支农资金和本级财政支农资金的分配使用统筹安排，逐步做到支农项目申报、审批、实施的集中统一。中央财政要积极为支农资金整合营造有利的条件和环境。在资金分配上，今后安排的财政支农地方专款，具备条件的，一般只下达资金控制指标，由地方根据规划统筹安排使用。对于列入部门预算用于地方的项目支出，要与主管部门协商，将其与地方专款归并统筹使用，条件成熟时，可转为中央对地方的专款。
由于经过整合后的支农资金相对集中，数额较大。《意见》要求采取得力措施，确保资金使用安全。要推行项目公示制，实行工程招标制、物资集中采购制和资金报账制，实行管理责任制、工程监理制和监督跟踪制、监督抽查制。《意见》提出，要注重支农资金整合方式的创新。坚持以县为主，同时要积极探索其他支农资金整合方式，不强求统一资金整合的路径和模式，鼓励不同级次、不同层面、不同内容、不同形式的整合，提倡各地从实际出发，因地制宜，积极探索，自主创新，形成灵活多样、操作性强、切实有效的整合方式。
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