改革开放以来，我国医药卫生事业有较大发展。同时也应看到，医药卫生方面还存在一些问题。例如，医疗资源配置不合理、药品生产流通秩序混乱、一些医疗机构片面追求经济利益、医药费用增长过快等。为了解决这些问题，国务院决定在建立城镇职工基本医疗保险制度的同时，进行医药卫生体制改革。
改革的目标是，建立适应社会主义市场经济要求的城镇医药卫生体制，促进卫生机构和医药行业健康发展，让群众享有价格合理、质量优良的医疗服务，提高健康水平。
第一是引入竞争机制，提高医疗服务质量。首先要保障群众对医疗服务的选择权：职工可以在若干定点医疗机构选择就医，建立医疗机构之间的竞争机制，打破过去职工只能在一个合同医院看病的垄断；职工可以在医院购药，也可以持医生处方在若干定点药店购药，建立医院药房和社会药店之间的竞争机制，打破过去医疗机构对处方用药的垄断。
第二是多种形式办医，满足不同层次需求。要按照营利性与非营利性建立新的医疗机构分类管理制度，并制定不同的财税、价格政策，更好地满足不同人群对医疗服务的不同需求。要建立健全社区卫生服务组织、综合医院和专科医院合理分工的服务体系，形成规范的双向转诊制度，更好地满足不同疾病对医疗服务的不同需求。
第三是实行卫生运作全行业管理，进行医疗资源优化重组。
第四是推进药品生产流通体制改革，整顿药品流通秩序。
目前，有关部门正在积极研究制定医药卫生体制改革的相关配套政策，年内准备出台医疗机构药品收入实行收支两条线的管理办法、医疗机构分类管理办法、对非营利性医疗机构的财政补助政策和税收优惠政策、调整药品价格和医疗服务价格的政策等。
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