边境牧羊犬属于柯利犬的一种，原产于苏格兰边境，受到遗传因素的影响，边牧犬也存在遗传性疾病。例如，髋关节疾病、蜡样质脂褐素沉积病、累积症等等。为了避免边境牧羊犬的遗传疾病，在繁殖的时候就应该保证科学合理的繁殖，注重降低遗传病的几率。
CEA-CL是一种先天性疾病，眼睛的某些部分，特别是视网膜发育不全。
这种遗传病的严重程度各异，或无视觉损伤，或是失明。很多边牧幼犬在三岁前视力正常三岁后逐渐减退，直到完全变瞎子。患有这种遗传病的边牧，脉络膜变白变薄出现类似于空洞一样的，然后通过检眼镜可以看见在血管和巩膜下会出现一个类似于“窗口”的缺洞为此，繁殖家需要注意，不要同时饲养两只已被证实为病毒基因携带者的犬，因为这将可能产下患病的幼犬。
髋关节疾病，髋关节损坏称为骨关节炎，也被称为关节变性病，是对边境牧羊犬影响最普遍的基因疾病。随着病情的发展将最终导致髋关节坏死。它被证明在经重力和激烈性运动，其临床表现症状为髋关节结合出软骨病，骨质疏松和骨骼异常生长。
蜡样质脂褐素沉积病，是侵袭边境牧羊犬的一种累积症。因为这是一种侵袭大脑神经组织或神经细胞的累积症。临床症状通常始於十六个月大至二十三个月大之间。
累积症，遗传这种疾病的边牧，在约15个月大的时间裏都表现正常。但在其之后，可能会发现对熟悉的物体或环境过度忧惧或惊慌出现视觉干扰，步态反常—步伐不稳，无法轻易地攀爬或者跳跃，往往需要支撑著走路或走鹅步有发狂的举动，颠狂、多动、精神错乱、狂暴、丧失方向感、呆滞、大小便失禁、举止怪异反常等症状。
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