当前，我国科技发展还存在着一些体制和机制性障碍。新时期国家科技工作将围绕全面推进国家创新体系建设这一总目标，进一步深化科技体制改革，为推进自主创新奠定良好的制度基础。
一、建设以企业为主体、产学研有机结合的技术创新体系。多年来，我国科技和经济体制都已发生了深刻变革。从产业技术进步方面来看，主要奉行“以市场换技术”的策略，依靠从国外引进技术。从科技创新活动方面来看，科技的改革和发展主要是在科技系统内部完成的，没有完全走出自身的小循环。在实践中表现为发展战略与具体行为脱节、科技政策与经济政策脱节、研究开发与产业发展脱节、科研不能充分体现市场的需求、引进与消化吸收再创新脱节等。要从根本上解决问题，必须把建立以企业为主体、产学研有机结合的技术创新体系作为国家创新体系建设的突破口，使科技创新真正进入经济发展的大循环之中。这是促进国家科技发展的一项重大措施。
二、建设科学技术研究和高等教育紧密结合的知识创新体系。科研院所和大学是产生新知识、新思想的沃土，是孕育优秀创新人才的摇篮。我们要加快建设科学研究与高等教育有机结合的知识创新体系；以建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为中心，促进科研机构之间、科研机构与高校之间的结合和资源集成；加强社会公益科研体系建设；发展研究型大学；努力形成一批高水平的、资源共享的基础科学和前沿高技术研究基地。
三、建设军民结合、寓军于民的国防科技创新体系。从当今世界科学技术发展趋势看，军、民技术日趋融合，高新技术两用化的特征越来越明显。有关统计资料表明，国外军事装备技术中85％采用的是民用技术，纯军事技术只占15％。建立军民结合、寓军于民的创新体制，已经成为世界上主要国家共同的政策取向。为此，我们要建立军民结合的新的科技管理体制，促进军民科技的紧密结合。
四、建设科学的科技决策与协调机制。根据全球化竞争和科技进步不断加快的特点，未来加强科技宏观管理，重点是要强化国家科技发展的总体部署和宏观管理，切实加强对重大科技政策制定、科技经费预算、重大科技计划和科技基础设施建设的统筹协调；要确立科技政策作为国家公共政策的基础地位，实现国家科技政策与经济政策的协调互动；要建立国家科技宏观协调机制，建立和完善适应科学研究规律和科技工作特点的经费管理制度，逐步建立财政科技经费的预算绩效评价体系，提高财政资金使用的规范性、安全性和有效性。
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